O planejamento estratégico do Ministério Público elegeu o tema meio ambiente preservado como um dos focos prioritários de ação e indicou que uma das formas de fazê-lo seria através da proteção dos recursos hídricos.

Para concretizar tal meta, o Programa de Atuação Integrada por Bacias Hidrográficas pretende promover a articulação regional entre Promotorias de Justiça, Poder Público e a sociedade civil, favorecendo a construção de uma agenda ambiental positiva, voltada ao enfrentamento dos problemas que atingem não apenas uma comunidade, mas toda a bacia hidrográfica.

A partir de diagnósticos ambientais realizados se pode identificar áreas onde a atuação será prioritária, assim como os temas de origem/resultados comuns. A racionalização permitirá mais efetividade e garantirá a unidade de atuação em problemas diagnosticados regionalmente.

A atuação institucional dar-se-á através das Redes Ambientais, reunião de todas as Promotorias de Justiça com atribuições ambientais existentes em cada uma das bacias hidrográficas do Estado, objetivando articular a ação do Ministério Público, trocar informações, planejar e avaliar as ações executadas.

A atuação prioritária será no sentido de promover a restauração dos corredores ecológicos, a implementação plena das Unidades de Conservação, a implantação de reservas legais, a racionalização do uso das águas superficiais/subterrâneas, bem como o enfrentamento de questões como o tratamento de resíduos sólidos e o saneamento, entre outras.